一般來(lái)說(shuō)，代謝組分析流程如下：首先對(duì)代謝物進(jìn)行預(yù)處理，預(yù)處理的方法由測(cè)量分析方法決定。如果采用質(zhì)譜分析，則需要提前將代謝物分離并電離。然后對(duì)預(yù)處理后的組分進(jìn)行定性和定量分析。

在預(yù)處理中，常用的分離方法包括：氣相色譜法（GC）、高效液相色譜法（HPLC）。氣相色譜分辨率較高，但需要代謝組分氣化，對(duì)組分的分子量有一定限制。高效液相色譜也廣泛應(yīng)用于代謝組分析，因?yàn)樗谝合嘀蟹蛛x代謝成分，因此不需要?dú)饣煞帧Ｅc氣相色譜法相比，其測(cè)量范圍更寬，靈敏度更高。優(yōu)勢(shì)。此外，毛細(xì)管電泳還可以分離代謝成分，應(yīng)用較少，但理論上其分離效率高于高效液相色譜。

在預(yù)處理過(guò)程中，常常會(huì)添加內(nèi)標(biāo)，以方便后續(xù)對(duì)樣品質(zhì)量的監(jiān)測(cè)和比較。由于不同的實(shí)驗(yàn)批次和進(jìn)樣順序?qū)罄m(xù)測(cè)量也有一定的影響，因此還添加了空白對(duì)照。與混合樣品進(jìn)行比較以進(jìn)行質(zhì)量監(jiān)控。

對(duì)不同代謝成分進(jìn)行定性和定量分析的方法包括質(zhì)譜法（Massspectrometry，MS）和核磁共振波譜法（NuclearMagneticResonanceImaging，NMR）。其中，質(zhì)譜法具有靈敏度高、特異性強(qiáng)的優(yōu)點(diǎn)，廣泛應(yīng)用于代謝物的檢測(cè)。它可以對(duì)分離和電離后的代謝物進(jìn)行定性和定量。電離方法包括：常壓化學(xué)電離（Atmospheric-Pressure Chemical Ionization，APCI）、電子電離（Electron ionization，EI）、電噴霧電離（Electrospray ionization，ESI）等，需要根據(jù)不同的分離方法進(jìn)行選擇。例如，電噴霧電離通常用于通過(guò)液相色譜分離組分。然而，由于質(zhì)譜法不能直接檢測(cè)生物溶液或組織，其應(yīng)用受到了限制。為了提高原有質(zhì)譜分析的靈敏度、簡(jiǎn)化樣品制備、減少背景的影響，一些新的質(zhì)譜相關(guān)技術(shù)得到了發(fā)展。這些技術(shù)包括：二次離子質(zhì)譜 (SIMS) 和納米結(jié)構(gòu)引發(fā)劑 MS (NIMS)，它們都是解吸/電離方法，兩者均與基質(zhì)無(wú)關(guān)。其中，SIMS利用高能離子束解吸樣品的接觸表面，具有空間分辨率高的優(yōu)勢(shì)，是與質(zhì)譜聯(lián)用的器官/組織成像的強(qiáng)大技術(shù)。 NIMS可用于小分子的檢測(cè)。基質(zhì)輔助激光解吸/電離（MALDI）是一種較為溫和的電離方法，可以獲得一些常規(guī)電離方法容易解離成片段的完整大分子的質(zhì)譜信息，如DNA、蛋白質(zhì)、肽和糖等。解吸電噴霧電離 (DESI) 是一種直接電離技術(shù)，可與質(zhì)譜法串聯(lián)使用，在大氣條件下直接分析樣品。其原理是利用快速移動(dòng)的帶電溶液流從接觸表面提取樣品，可用于法醫(yī)分析、藥物、植物、生物組織、聚合物等的分析。激光燒蝕電噴霧電離（LAESI）是一種結(jié)合中紅外激光燒蝕和二次電噴霧電離的直接電離技術(shù)，可用于多種樣品，包括植物、組織、細(xì)胞，甚至血液、尿液等未經(jīng)處理的生物溶液，已應(yīng)用于食品監(jiān)管、藥品監(jiān)管等領(lǐng)域。核磁共振波譜不需要預(yù)先分離代謝組分。與質(zhì)譜分析相比，核磁共振波譜具有結(jié)果重現(xiàn)性更好、樣品制備更簡(jiǎn)單、無(wú)需預(yù)分離、對(duì)樣品破壞較小等優(yōu)點(diǎn)。它低于質(zhì)譜法（有爭(zhēng)議，一些人認(rèn)為這是由于樣品預(yù)處理工作流程不正確），但由于其易用性也被廣泛使用。藥品監(jiān)管等領(lǐng)域。核磁共振波譜不需要預(yù)先分離代謝組分。與質(zhì)譜分析相比，核磁共振波譜具有結(jié)果重現(xiàn)性更好、樣品制備更簡(jiǎn)單、無(wú)需預(yù)分離、對(duì)樣品破壞較小等優(yōu)點(diǎn)。它低于質(zhì)譜法（有爭(zhēng)議，一些人認(rèn)為這是由于樣品預(yù)處理工作流程不正確），但由于其易用性也被廣泛使用。藥品監(jiān)管等領(lǐng)域。核磁共振波譜不需要預(yù)先分離代謝組分。與質(zhì)譜分析相比，核磁共振波譜具有結(jié)果重現(xiàn)性更好、樣品制備更簡(jiǎn)單、無(wú)需預(yù)分離、對(duì)樣品破壞較小等優(yōu)點(diǎn)。它低于質(zhì)譜法（有爭(zhēng)議，一些人認(rèn)為這是由于樣品預(yù)處理工作流程不正確），但由于其易用性也被廣泛使用。有些人認(rèn)為這是由于樣本預(yù)處理工作流程不正確造成的），但由于其易用性，它也被廣泛使用。有些人認(rèn)為這是由于樣本預(yù)處理工作流程不正確造成的），但由于其易用性，它也被廣泛使用。

此外，其他檢測(cè)方法還包括：離子遷移譜分析（Ion-mobilityspectrometry，IMS）是一種基于電離分子在氣相載體中的遷移來(lái)分離和分析這些分子的技術(shù)。靈敏度高，可單獨(dú)使用或與質(zhì)譜、氣相色譜或液相色譜串聯(lián)使用。電化學(xué)檢測(cè)技術(shù)與高效液相色譜 (HPLC-ECD) 相結(jié)合，可用于測(cè)量復(fù)雜基質(zhì)中的低含量成分，具有易用性、靈敏度和選擇性。應(yīng)用于臨床研究、食品檢測(cè)、藥物檢測(cè)等領(lǐng)域。拉曼光譜基于振動(dòng)光譜，可以檢測(cè)化合物的結(jié)構(gòu)及其微小變化。具有不破壞樣品、樣品前處理簡(jiǎn)單、和高空間分辨率。它已用于臨床病理學(xué)研究和微生物分類(lèi)。以及檢測(cè)、化合物分析等領(lǐng)域。